Endüstri ve Sistem Mühendisliği Bölümünün amacı, askerî öğrencilere ulusal ve uluslararası standartlara uygun eğitim ve öğretim sunarak endüstri mühendisliği yetkinliği kazandırmaktır.
Bu amaçla;
Askerî öğrencilerin fen bilimleri ve sosyal bilimlerdeki bilgi ve becerilerini mühendislik ilke ve yöntemleri ile birleştirmelerini sağlayarak geleceğin muharebelerine ve askerî ihtiyaçlarına yönelik geliştirilmesi hedeflenmektedir.
Endüstri ve Sistem Mühendisliği; günümüzün sürekli değişen ve gelişen askerî durumlar içerisinde yeniliklere açık olan, hep daha iyisini hedefleyen bir mühendislik dalıdır. Bu doğrultuda araştırmalar yaparak en uygun sistemi bulmaya çalışan temel mühendislik bölümlerinden bir tanesi olan Endüstri ve Sistem Mühendisliği Bölümünün temel amaçlarından bir tanesi, meslek yaşamlarında karşılaşabilecekleri tüm sistemleri etkin olarak yürütebilmelerini sağlayacak bilgi ve birikime sahip subayları ordumuza kazandırmaktır.