Mustafa Kemal Paşa, Amasya Tamimi adıyla ünlü bu genelgesini yayımladıktan sonra Erzurum’a geçmek üzere 27 Haziran 1919’da halkın sevinç gösterileri arasında Sivas’a geldi. Şehirde kaldığı bir günlük süre içinde, Erzurum Kongresini takiben Sivas’ta yapılacak kongre için ilgililere gerekli direktifleri vererek Erzurum’a hareket etti. Atatürk, 3 Temmuz 1919 günü Erzurum’a geldi. Kendisi der ki, "Benim Erzurum’a gelişim, bütün milletin ateşten bir çember içine alınmış olduğu bir zamana tesadüf etti. Bütün millet bu çemberin içinden nasıl çıkılacağını düşünmekte idi.". 15 Temmuz 1919 günü Ilıca önlerinde Erzurumlular tarafından coşkun bir şekilde karşılandığı zaman, Çukurova’da muhacir olarak bulunup Erzurum’a dönen ihtiyar Mevlüt Ağa ile aralarında geçen konuşma, bu ateşten çember içinden mutlaka çıkılması gerektiği fikrini Atatürk’te daha da perçinledi. İhtiyar, fakat dinç Mevlüt Ağa’ya Mustafa Kemal Paşa sordu:
Çukurova gibi verimli bir memleketten niye döndün? Yoksa geçinemedin mi?
Mevlüt Ağa, derhâl cevap verdi:
Hayır Paşam, geçimimiz çok rahattı. Son günlerde işittim ki İstanbul’daki ırzı kırıklar, bizim Erzurum’u Ermenilere vereceklermiş. Geldim ki göreyim, bu namertler kimin malını kime veriyorlar?
Bu sözler, milletle beraber, millet için çalışmak üzere Erzurum’a gelen Mustafa Kemal Paşa’yı çok duygulandırmış, gözlerini yaşartmıştı. Etrafındakilere döndü ve şöyle dedi: “Bu milletle neler yapılmaz!”.
Atatürk, Erzurum’a gelişinden 5 gün sonra, 8-9 Temmuz 1919’da "sine-i millette bir ferd-i mücahit olarak çalışmak üzere" çok sevdiği askerlik mesleğinden ve görevinden istifa etti. Artık, bir millet ferdi olarak, milletten kuvvet, kudret ve ilham alarak tarihî vazifesine devam ediyordu.
Askerlikten istifasını takiben Erzurumluların isteği üzerine Vilâyat-ı Şarkiye Müdafaa-i Hukuk-u Milliye Cemiyeti Erzurum Şubesi’nin Heyet-i Faale Başkanlığı’na getirildi. Cemiyet, o günlerde daha evvelce alınan bir karar gereğince doğu illerini kapsayan bir kongrenin hazırlıkları içinde idi. Mustafa Kemal’in Heyet-i Faale Reisi olarak bu kongreye iştiraki mümkündü. Fakat o, bu kongreye özellikle Erzurum’dan üye olarak iştirak etmek istiyordu. Ne çare ki Erzurum üyeleri evvelce seçilmişti ama buna da bir çözüm bulundu. Erzurum’un iki değerli evladı, Kâzım Yurdalan ve Cevat Dursunoğlu Erzurum üyeliğinden istifa etmek suretiyle yerlerini Mustafa Kemal ve Rauf (Orbay) Bey’e bıraktılar. Bu suretle Mustafa Kemal Paşa’nın kongreye girişi meşruiyet kazandı.
Erzurum Kongresi, 23 Temmuz 1919’da tek katlı bir ilkokul salonunda 62 delegenin iştirakiyle toplanmıştı. Kongre, bir kurucu meclis gibi çalışarak 14 gün devam etti ve 7 Ağustos 1919’da çalışmalarına son verdi. Kongreyi geçici başkan olarak Erzurum delegelerinden Hoca Raif Efendi açmış, delegelerin isim okunarak yoklaması yapıldıktan sonra başkanlık seçimine geçilmişti. Yapılan oylamada Mustafa Kemal Paşa, başkan seçildi.
Millî Mücadele’ye bayrak olan bir kongrenin Erzurum’da toplanışı bir tesadüfün eseri değildi. Mondros Mütarekesi’nden sonra müdafaa şuurunun en keskin bir şekilde meydana çıktığı bölgelerden biri, Erzurum idi. Zira mütareke hükümlerine göre asırlarca şehit kanıyla sulanmış Erzurum topraklarını da içine almak üzere bir Ermenistan kurulması isteniyordu. Bu durum, bölgedeki millî birlik ve mukavemet şuurunu daha da perçinlemişti. Keza, kongreye Doğu Karadeniz il ve kasabalarını temsil etmek üzere 17 delege ile iştirak eden Trabzon’da da Pontus tehlikesi vardı. Bölge Rumları, Mondros Mütarekesi’nden faydalanarak Doğu Karadeniz şehirlerini kapsayacak bir Pontus Rum Devleti kurma hayali içindeydiler. Bu bakımdan Doğu Anadolu şehirleri ile tehlike müşterekti.
Erzurum Kongresi, güç şartlar altında toplanıyordu. Çünkü kongre üyelerinin vilayetlerce gerek seçiminde gerekse seçilenlerin kongreye gönderilmesinde büyük güçlükler çıkarılıyordu. Mülki amirlerin büyük kısmı, İstanbul Hükûmeti’nin baskısıyla delegeleri korkutuyorlar, yola çıkmalarını engelliyorlar, hatta bazı vilayetler kesin olarak delege göndermemekte direniyordu. Elazığ, Diyarbakır ve Mardin illerinden seçilen üyeler valilik baskısı sebebiyle yola çıkmaktan alıkonulmuşlar, dolayısıyla kongreye iştirak edememişlerdi. Bu sebeple kongrenin toplanabilmesi için Müdafa-i Hukuk-u Milliye Cemiyeti Erzurum Şubesi’nin gayretleri yanında Mustafa Kemal Paşa tarafından da ciddi teşebbüslerde bulunmak icap etti. Vilayetlerin her birine açık telgraflar gönderilmekle beraber, bir taraftan da şifre telgraflarla valilere, komutanlara gerektiği şekilde tebligatta bulunuldu. Nihayet yeteri kadar temsilci getirtilip kongreyi toplamaya muvaffak olundu.
İşte bu şartların oluşturduğu hava içinde gerçekleştirilen Erzurum Kongresi, Vilâyat-ı Şarkiye Müdafaa-i Hukuk-u Milliye Cemiyeti Erzurum Şubesi ile Trabzon Muhafaza-i Hukuk Cemiyeti’nin müştereken hazırladığı bir kongre idi. O günkü mülki taksimatta Trabzon’un kapsadığı Doğu Karadeniz il ve ilçelerinden 17, Erzurum’un kapsadığı il ve ilçelerden 25, Sivas’ın kapsadığı il ve ilçelerden 14, Bitlis’ten 4 ve Van’dan 2 delegenin iştiraki ile toplam 62 üye ile toplanmıştı. Bugünkü idari taksimat göz önüne alındığı takdirde katılım, 30’a yakın Doğu Anadolu ve Doğu Karadeniz illerini ve bunların ilçelerini kapsamaktadır.
Erzurum Kongresi’nin toplanışı ve çalışmalarına başlamasıyla İstanbul’da saray ve hükûmet tarafından, Anadolu’da yükselen bu kurtuluş sesini boğmak için yoğun bir faaliyet başladı. Ajanslarla Mustafa Kemal’in devlete başkaldıran bir asi olduğu, Erzurum Kongresi’nin kanunsuz toplandığı ilan edildi. Mustafa Kemal Paşa’yı tutuklamak için her türlü tedbire başvuruldu. İstanbul Hükûmeti, Erzurum Kongresi’nin dağılmasını, kongreye katılanların yakalanarak İstanbul Divan-ı Harbi’ne sevklerini emretti ise de millet fertlerini saran o zamanki millî hava içinde hiçbir makam bu emri yerine getirmeye teşebbüs edemedi.
İşte bu derece güç şartlar içinde gerçek bir vatan aşkıyla her türlü tehlikeyi göze alarak toplanan Erzurum Kongresi, Türk tarihinde önemli bir dönüm noktası oldu. Türk Kurtuluş Savaşı’nın ilk temelleri bu kongrede atılmış, alınan tarihî kararlar, Millî Mücadele’nin temel kurallarını oluşturmuştu. Erzurum Kongresi kararları şu şekilde özetlenebilir:
Erzurum Kongresi, memleketin bütününü ilgilendiren bu tarihî kararlarıyla bölgesel bir kongre olmaktan çıkmış, kendisinden sonra gelişecek tüm olayları büyük ölçüde etkilemişti. Zira, Sivas Kongresi kararları, Erzurum Kongresi kararlarına dayandı. Misak-ı Millî’nin esasında Erzurum Kongresi kararları yer aldı. Türkiye Büyük Millet Meclisi’nin toplanış ve açılış gerekçesi Erzurum Kongresi kararlarına üzerine inşa edildi. Mudanya ve Lozan Antlaşmaları’nın bağımsızlığı savunan ruhu; ilhamını Erzurum Kongresi kararlarından aldı. Cumhuriyet rejiminin ruhu, irade-i milliye’yi hâkim kılmak esasında toplandı. Ve nihayet "Milletimiz insani ve asri gayeleri tebcil eder" cümlesiyle Atatürk inkılaplarının ilk kıvılcımları Erzurum Kongresinde parıldadı.
Sonuçları bakımından bu derece önem taşıyan Erzurum Kongresi için Mustafa Kemal Paşa, kapanış konuşmasında "Tarih, bu kongremizi şüphesiz ender ve büyük bir eser olarak kaydedecektir." ifadesini kullandı.
Erzurum Kongresi, 7 Ağustos 1919 günü -kendisi adına bütün yetkileri kullanacak- 9 kişilik bir Heyet-i Temsiliye seçerek çalışmalarına son verdi. Şimdi Heyet-i Temsiliye’yi ve onun başkanını büyük bir görev bekliyordu. Erzurum Kongresi’nde parlayan kıvılcımı söndürmemek, Sivas’ta onu meşale haline getirerek millî kurtuluşa daha emin adımlarla yürümek gerekiyordu. Bu sebepledir ki, Mustafa Kemal Paşa, doğu illerinin mukadderatı için toplanan Erzurum Kongresi’ni -gayesini daha da genişleterek- bu amaca yöneltmek istedi. Bu sebepledir ki, Erzurum Kongresi’ni, Sivas Kongresi’ne bağlayarak Millî Mücadele’ye memleket sathında genişlik kazandırdı.